Վահագն Պապյանը ծնվել է Երևանում, նկարիչ Անատոլի Պապյանի և դաշնակահարուհի Ամալյա Բայբուրդյանի ընտանիքում։ Դաշնամուր սովորել է Երևանի և Մոսկվայի կոնսերվատորիաներում (պրոֆեսորներ Վ. Սարգսյան և Մ. Վոսկրեսենսկի)[1]։ 1979 թ.-ին՝ շահել է Լիսաբոնի Վիանա դա Մոտայի անվան միջազգային մրցույթի 2-րդ մրցանակը։ 1982-1987 թթ. Պապյանը դիրիժորություն է սովորել Սանկտ Պետերբուրգի կոնսերվատորիայում, պրոֆեսոր Ի. Մուսինի մոտ։ 1984 թ.-ին Վալերի Գերգիևը հրավիրել է նրան որպես Հայաստանի ֆիլհարմոնիկ նվագախմբի երկրորդ դիրիժոր, 1987-1989 թթ. զբաղեցրել է գեղարվեստական ղեկավարի և գլխավոր դիրիժորի պաշտոնը։ 1990 թ. Վ. Պապյանը ներգաղթել է Իսրայել[2]։ Այդ ժամանակից ի վեր նա Բեեր-Շևայի սիմֆոնիկ նվագախմբի օգնական դիրիժոր է, նաև Երուսաղեմի սիմֆոնիկ նվագախմբի հյուր դիրիժոր։ Վ. Պապյանը ղեկավարել է Անգլիական կամերային նվագախումբը Լոնդոնի Բարբիքան կենտրոնում, Նոր Ճապոնական ֆիլհարմոնիկը, Իսրայելի կամերային նվագախումբը, Երուսաղեմի, Մոսկվայի, Բելգրադի և Թրոնդհայմի (Նորվեգիա) սիմֆոնիկ նվագախմբերը, 2001 թ.-ի Էնեսկուի փառատոնում՝ Վիեննայի Տղաների երգչախումբը։ Ղեկավարել է նաև Իսրայելի Սինֆոնիետտան (2003 թ., հոկտեմբեր, Բեեր-Շիվա) և Իսրայելի Հյուսիսային սիմֆոնիկ նվագախումբը (2004 թ., Հայֆա)։ Վահագն Պապյանը հրավիրվել է ղեկավարել նաև Երուսաղեմի սիմֆոնիկ նվագախումբը 2004 թ.-ի ապրիլին «Սիրված համերգներ» շարքում։ Վ. Պապյանը ղեկավարել է նաև օպերաներ՝ Կառլ Նիլսենի «Սավուղ և Դավիթը», Բիզեի «Կարմենը», Մոցարտի «Դոն Ժուանը» և Բելլինիի «Նորման»։ Պապյանը Հայաստանի Ազգային օպերային թատրոնի հյուր դիրիժոր[փա՞ստ] է և Թել Ավիվի Սամուել Ռուբին երաժշտական ակադեմիայի պրոֆեսոր։